LNCC

CURSO CBAB/CABBIO 2013: FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS

Tipo de evento:
Curso na Pós-Graduação

O presente curso oferecido pelo CBAB/CABBIO é realizado em nível de pós-graduação, com carga horária de 80 horas/aula (32 horas teóricas e 48 horas práticas em computadores).

Requisitos básicos para participar do curso:
Nível de instrução acadêmica: pós-graduandos, pós-doutorandos ou pesquisadores.
Atuação profissional do candidato: Genética, Genômica, Biotecnologia, Bioinformática ou áreas afins.

Vagas: total 20 (selecionados com custeio até 8 brasileiros e 8 estrangeiros)

Datas e prazos:
Período do curso: 1 a 12 de julho de 2013
Período de inscrições: 1 de abril a 17 de maio de 2013

Local de realização do curso:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Endereço: Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha - Petrópolis - RJ - Brasil
Instituições Envolvidas na Organização:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC
Centro Brasil Argentino de Biotecnologia CBAB/CNPq
Centro Argentino-Brasileño de Biotecnologia - CABBIO

Coordenação: Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - marisa@lncc.br
Contato: marisa@lncc.br
Telefone: 24-2233.6264

PROGRAMA PRELIMINAR
Aulas Teóricas (32 horas)
Seção Introdutória
1.Introdução às técnicas de sequenciamento de DNA de segunda e terceira gerações - 1 hora - Ricardo Henrique Kruger Universidade de Brasília
2.Plataforma SOLiD: Aplicações de sequenciamento em larga escala 1 hora - Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ
3.Algoritmo de alinhamento de sequencias 2 horas - Maria Emília Machado Telles Walter Universidade de Brasília
4.Agrupamentos de genes homólogos 2 horas J. Miguel Ortega UFMG
5.Bases de dados de genes ortólogos e aplicações - 2 horas - Gabriel da Rocha Fernandes Universidade Católica de Brasília
6.Criação de agrupamento de ortólogos e aplicações - 2 horas - Rafael L M Guedes UFMG
7.Mineração de texto e construção de redes regulatórias - 2 horas - J. Miguel Ortega UFMG

Seção Transcriptômica
1.Introdução ao estudo do RNA - 1 hora - Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ
2.Construção de bibliotecas de cDNA para abordagens de RNA-seq 2 hora Alinne Castro Universidade de Brasília
3.Abordagens para o estudo de meta transcriptomas 2 horas Fernando Gomes Barcelos - UEL
4.RNA-seq: processamento inicial das sequências, mapeamento e quantificação dos genes expressos 2 horas Pedro A F Galante - Centro de Oncologia Molecular - Hospital Sírio-Libanês
5.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA 4 horas - Daniel Guariz Pinheiro USP/Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática
6.Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e de classificação 4 horas Roney S Coimbra CEBiO/FIOCRUZ
7.Análise transcriptômica de micro e outros small RNAs 2 horas Inácio de Loiola Meirelles Junqueira de Azevedo Instituto Butantan
8.Introdução a Biologia Computacional dos RNAs (Non-coding RNAs) 2 horas Alexandre Rossi Paschoal
9.Statistics/Machine Learning/Visualization of gene expression through R and Bioconductor Elmer A Fernandez 2 horas Universidad Católica de Córdoba/Argentina.

Aulas Práticas (48 horas)
Seção Introdutória
1.Introdução ao Sistema Operacional Linux 4 horas Mauricio E. Cantão e Nicholas Costa Barroso Lima Embrapa Suínos e Aves e LNCC
2.Pratica de alinhamento de sequencias 2 horas Maria Emilia Machado Telles Walter Universidade de Brasília
3.Criação de grupos de homólogos com SeedServer 1 hora Rafael L M Guedes UFMG
4.Descoberta de ortólogos remotos e genes de transferência lateral com PSI-BLAST 2 horas - J. Miguel Ortega UFMG
Seção Transcriptômica
1.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA 5 horas - Daniel Guariz Pinheiro USP/Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática
2.Análise de RNA-seq 3 horas Christian Macagnan Probst Instituto Carlos Chagas - ICC/FIOCRUZ
3.Descobrindo novos transcritos humanos com dados de RNA-seq 3 horas - Pedro A F Galante Centro de Oncologia Molecular - Hospital Sírio-Libanês
4.Análise de dados de transcriptoma através de métodos de agrupamento e classificação (aprendizagem de máquina) 5 horas Roney S Coimbra CEBiO/FIOCRUZ
5.Anotação de transcriptoma utilizando bancos de dados de ortólogos - 2 horas J. Miguel Ortega UFMG
6.Identificação e anotação in silico de non-coding RNAs 4 horas Alexandre Rossi Paschoal
7.Statistics/Machine Learning/Visualization of gene expression through R and Bioconductor Elmer A Fernandez 5 horas Universidad Católica de Córdoba/Argentina.
8.Aplicação da ferramenta Galaxy na analise de RNA-seq 4 horas Mauricio E. Cantão e Adhemar Zerlotini Neto Embrapa Informática Agropecuária (CNPTIA)
9.Estudo dirigido de análise transcriptoma 8 horas - Mauricio E. Cantão e Milene Ferro.

Mecanismo de avaliação dos alunos:
Os alunos serão avaliados com base na apresentação oral de seminários abordando as temáticas discutidas

INSCRIÇÕES:
1- Inscrição para candidatos brasileiros (ATENÇÃO - devido a grande demanda deste curso por gentileza, pedimos aos orientadores/chefes seguir as instruções descritas nesta pagina)

Submissão de inscrições
A admissão de interessados em participar do curso CBAB/CABBIO 2013 FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS ÀS ANÁLISES DE SEQUÊNCIAS TRANSCRIPTÔMICAS é limitada e sujeita à seleção. Para que a inscrição seja aceita, é necessário:

1 - QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA PREENCHA os formulários A e B. Sendo o FORMULARIO A aquele de inscrição do CANDIDATO e o FORMULARIO B aquele para recomendação.
2 QUE O ORIENTADOR OU CHEFE DO GRUPO DE PESQUISA ENCAMINHE os formulários A e B preenchidos para o email marisa@lncc.br (Marisa Fabiana Nicolás), com o assunto (subject): CBAB2013.FORM [NOME DO CANDIDATO]

Link para formulários (ver no final da pagina CBAB): http://www.mct.gov.br/index.php/content/view/328350/Instrucoes_para_candidatos_brasileiros.html

Processo de seleção
A seleção de candidatos será realizada pelos organizadores do curso, juntamente com a Diretoria Brasileira da Escola e a Secretária Técnica do CBAB.
Durante a seleção, os seguintes critérios serão considerados:
Estrita obediência ao calendário de inscrições;
Atendimento aos requisitos informados no calendário de cursos;
Distribuição geográfica e institucional;
Necessidade de treinamento de recursos humanos em grupos de pesquisa emergentes na área de cada curso;
Atuação profissional do candidato;
Formação básica e específica, mediante consulta na Plataforma Lattes do CNPq

Benefícios concedidos
Para os alunos selecionados com custeio (até 8 brasileiros), não residentes em Petrópolis, serão financiados traslado e diárias para alimentação e estadia em quartos duplos ou triplos.

2- Inscrição para candidatos Argentinos, Uruguaios, Paraguaios e Colombianos

As inscrições devem ser encaminhadas ao ponto focal do país de origem do candidato:
Argentina: MINCyT - cabbio@mincyt.gov.ar
Uruguai: PEDECIBA - cabbio@pedeciba.edu.uy
Paraguai: CONACyT - ciencia@conacyt.org.py
Colômbia: COLCIENCIAS - contacto@colciencias.gov.co deve-se obedecer a data-limite informada no site www.colciencias.gov.co.

Benefícios concedidos
Para os alunos estrangeiros selecionados (até 4 argentinos, 2 uruguaios, 1 paraguaio, 1 colombiano) não residentes em Petrópolis, o Governo Brasileiro financia as diárias para alimentação e estadia em quartos duplos ou triplos.

RESULTADO DOS CANDIDATOS SELECIONADOS:

CANDIDATOS BRASILEIROS COM CUSTEIO INSTITUIÇÃO REGIÃO
Getúlio Pereira de Oliveira Júnior, UNB, Centro-oeste
Lidiane Lindinalva Barbosa Amorim, UFPE, Nordeste
Paulo Vitor Rodrigues Cardoso, UFPA, Norte
Marcia Flores da Silva Ferreira, UFES, Sudeste
Juliana Leles Costa, CENA/USP, Sudeste
Paula Maria Elbl, USP, Sudeste
João Antonio Debarba, UFRGS, Sul
Higo Forlan Amaral, IAPAR, Sul

CANDIDATOS ESTRANGEIROS COM CUSTEIO INSTITUIÇÃO
Antonio Lagares, Universidad Nacional de Quilmes (UNQ), La Plata Argentina
Brenda Valeiras, CINDEFI, La Plata Argentina
Mercedes Gil Barcaglioni, Universidad Nacional de Rosario, Rosario Argentina
Ximena L. Raffo Iraolagoitia, Instituto de Biología y Medicina Experimental, BsAs Argentina
Diana Carolina Mayorga González, Universidad Nacional de Colombia, Colombia-Bogotá
Lourdes Diana Valdez Benitez, UACH Chile, Paraguai
Adrián Valentín Kahan, UDeLaR, Uruguai
Martín Sóñora Grecco, UDeLaR, Uruguai

CANDIDATOS SEM CUSTEIO INSTITUIÇÃO REGIÃO
Lilian Hasegawa Florentino, Embrapa Cenargen, Centro-oeste
Helba Cirino de Souza Barbosa, UFPR, Sul
Ursula Castro de Oliveira, Butantan, Sudeste
Helder Anderson P. da Silva, Embrapa Seropedica, Sudeste
Lucas Mitsuo Taniguti, ESALQ-USP, Sudeste
Adriana Machado Fróes, Fiocruz, Sudeste
Michelle Prioli Miranda Soares, FMRP/USP, Sudeste
Josiana Gomes de Andrade, UENF, Sudeste
Valeria Alves da Silva, UFES, Sudeste
Letícia Márcia da Silva Tinoco, UFMG, Sudeste
Allan Cézar de Azevedo Matins, UFRJ, Sudeste
Paula Renata Alves da Silva, UFRRJ, Sudeste
Evelyze Pinheiro dos Reis, UFV, Sudeste
Cristiani Miranda David Gossani, UENF, Sudeste
Ailton Gonçalves Rodrigues Junior, UNESP-Botucatu, Sudeste
Silvana Pompéia do Val de Moraes, UNESP FCAJ, Sudeste
Diego Trindade de Souza, USP, Sudeste
Lívia Maria Silva Moura, USP, Sudeste
Alencar Cabral, UFSC, Sul
Rosana Ressa Aguiar Ambrosio, UTFPR, Sul
André Shigueyoshi Nakatani, Embrapa soja, Sul
Arthur Weiss da Silva Lima, UFRJ, Sudeste
Vitor Lima Coelho, LNCC, Sudeste
Pablo Pereira Ramos, LNCC, Sudeste
Maiana Costa, LNCC, Sudeste
Márlon Grégori, LNCC, Sudeste
Cintia Cristina Palu, LNCC, Sudeste

CANDIDATOS OUVIENTE DE AULAS TEÓRICAS
Frederico J. R. Carlos, UCP, Sudeste
Rafael Nicolay Baptista da Silva, LNCC, Sudeste
Juliana Borges Maciel, LNCC, Sudeste
Artur Duque Rossi, LNCC, Sudeste
Erika Tarre, INPI, Sudeste
Juliana Manasfi Figueiredo, INPI, Sudeste
Karla Consort Ribeiro, INPI, Sudeste
Camila Chaves Santos, INPI, Sudeste
Marcus Coelho, INPI, Sudeste
Fabiane Pereira Ramos, INPI, Sudeste
Elielton Rezende, INPI, Sudeste
Nathaly Uchoa, INPI, Sudeste
Adriana Afonso, UCP, Sudeste

Data Início: 01/07/2013
Data Fim: 12/07/2013

Coordenadores:
Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br
Maurício Egidio Cantão - Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária - Embrapa Suínos e Aves - EMBRAPA -

Comitê Organizador:
Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC - marisa@lncc.br

Instituições Envolvidas:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC / Brasil
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia
Centro Argentino-Brasileño de Biotecnología

Local:
Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC <www.lncc.br>

Endereço:
Endereço: Av. Getúlio Vargas, 333 - Quitandinha - Petrópolis - RJ - Brasil

Telefone:
24-2233.6264

Contato:
Marisa Fabiana Nicolás - marisa@lncc.br

Convidado:
Todos os participantes - -

Palestrante:
Alexandre Rossi Paschoal - Universidade de São Paulo - USP
Christian Probst - Fundação Oswaldo Cruz - FIOCRUZ
Daniel Guariz Pinheiro - - USP
À Definir - -
Elmer A Fernandez - Universidade de Córdoba -
Fernando Gomes Barcellos - Faculdade de Medicina Arthur Sa Earp - UEL / PR
Gabriel da Rocha Fernandes - FIOCRUZ Minas -
Inácio Junqueira de Azevedo - Instituto Butantan -
José Miguel Ortega - Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG
Maria Emília Machado Telles Walter - Departamento de Cência da Computação - UnB
Pedro A. F. Galante - Centro de Oncologia Molecular - Hospital Sírio-Libanês -
Rafael L M Guedes - - LNCC
Rita Maria Cunha de Almeida - Universidade Federal do rio Grande do Sul, Instituto de Física - UFRGS
Roney Santos Coimbra - FIOCRUZ / BH - FIOCRUZ/ BH

Professor:
Marisa Fabiana Nicolas - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC

Secretaria:
Marisa Fabiana Nicolás - Laboratório Nacional de Computação Científica - LNCC

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